Import Error for bcftools Compressed Files
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Tái hiện lỗi import bằng một VCF được nén bởi bcftools với -O z, sau đó so sánh với cùng tệp đó được giải nén và nén lại thông qua hàm bgzip của R. Trước tiên, hãy xác định đường dẫn import VCF của VariantAnnotation và phần xử lý xung quanh scanBcfHeader(bf) và _hts_rewind(). Hoàn thành khi các tệp được nén bởi bcftools có thể import thành công mà không cần workaround nén lại.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
VCF files that are filtered using bcftools and have their data compressed by specifying -O z as part of the command can't be imported into R because of the error "scanBcfHeader(bf) : [internal] _hts_rewind() failed". Decompressing the file and re-compressing it using the R function bgzip enables it to be successfully imported, but it seems an inefficient workaround and it's unclear why it's required. This issue has been reported for an older version of VariantAnnotation #22
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 32
- Fork
- 21
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the package Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận ·
-
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
robjhyndman/forecast#1220 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
JamesHWade/deputy#192 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
bug triage_needed
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
pharmaverse/rtables#1123 · 1 bình luận · 1 reaction ·