Import Error for bcftools Compressed Files
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Reproduce el fallo de importación con un VCF comprimido por bcftools usando -O z y compáralo después con el mismo archivo descomprimido y vuelto a comprimir mediante la función bgzip de R. Empieza localizando la ruta de importación de VCF de VariantAnnotation y el manejo alrededor de scanBcfHeader(bf) y _hts_rewind(). Se considera terminado cuando los archivos comprimidos por bcftools se importan correctamente sin la solución alternativa de recompresión.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
VCF files that are filtered using bcftools and have their data compressed by specifying -O z as part of the command can't be imported into R because of the error "scanBcfHeader(bf) : [internal] _hts_rewind() failed". Decompressing the file and re-compressing it using the R function bgzip enables it to be successfully imported, but it seems an inefficient workaround and it's unclear why it's required. This issue has been reported for an older version of VariantAnnotation #22
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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