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yeast-GEM
The consensus GEM for Saccharomyces cerevisiae

MATLAB · 137 个 star
RAVEN
The RAVEN Toolbox for genome scale model reconstruction, curation and analysis.

MATLAB · 131 个 star

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

Curate r_1603: the thiamine pyrimidine (HMP-P) synthase uses PLP and histidine and needs O2
未关闭
- 哪里不对？
curation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#424 · 2026年10月7日创建
Reconsider small and inconsistently named subsystems
未关闭
- 哪里不对？
curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#420 · 2026年10月7日创建
Ferrocytochrome b5 in the ER (s_4209) has charge 3 and ferricytochrome cross-references
未关闭
- 哪里不对？
curation

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 77/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#419 · 2026年10月5日创建
Proton leak (r_2129) is unbounded and can absorb oxygen without ATP
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#418 · 2026年9月25日创建
ecYeastGEM: enzyme-constrained model available via ecModels; automated reconstruction planned
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#416 · 2026年9月24日创建
Curation backlog: non-blocking findings from model-qc.yml
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#408 · 2026年9月1日创建
Problem with fillGaps function
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SysBioChalmers/RAVEN#608 · 1 条评论 · 2026年5月10日创建

维护者通常 1 天内回复
KEGG-derived model without compartmentalization
未关闭
- 哪里不对？
help wanted

难度 3/5 半天新手友好度 20/100

SysBioChalmers/RAVEN#593 · 4 条评论 · 2025年10月24日创建

维护者通常 1 天内回复
TranslateSBML_RAVEN.m fails on Apple M4
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 18/100

SysBioChalmers/RAVEN#582 · 3 条评论 · 2025年4月24日创建

维护者通常 1 天内回复
Implement YAML-based curation
可能重新可做 @edkerk 于 660 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
SysBioChalmers/yeast-GEM#379 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 · 2024年12月22日创建
How to apply ftINIT to yeast-GEM
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 18/100

SysBioChalmers/RAVEN#570 · 4 条评论 · 2024年10月23日创建

维护者通常 1 天内回复
Yeast-GEM visualization?
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 12/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#367 · 4 条评论 · 2024年7月29日创建
Is ftINIT compatible with other solvers than Gurobi?
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 半天新手友好度 22/100

SysBioChalmers/RAVEN#548 · 2 条评论 · 2024年6月12日创建

维护者通常 1 天内回复
PredictLocalization issue
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 15/100

SysBioChalmers/RAVEN#545 · 1 条评论 · 2024年5月27日创建

维护者通常 1 天内回复
feat: function to report if flux vector is ΔG-compatible
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#353 · 2023年9月28日创建
duplicate metabolites identified
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 15/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#338 · 1 条评论 · 2023年6月6日创建
reaction references
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#334 · 2023年4月11日创建
feat: single ec-code annotation per reaction
可能重新可做 @edkerk 于 1589 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
SysBioChalmers/yeast-GEM#319 · 5 条评论 · 已指派 1 人 · 2022年6月5日创建
feat: KEGG pathway annotation
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 22/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#317 · 1 个 reaction · 2022年6月5日创建
feat: unit tests for functions
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 半天新手友好度 50/100

SysBioChalmers/RAVEN#414 · 2022年5月2日创建

维护者通常 1 天内回复
Feat-stoichiometry coefficients for subunits in the enzyme complex
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 12/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#297 · 10 条评论 · 2022年1月31日创建
Fix-amino acid pathways localization
可能重新可做 @LarsBlank 于 1715 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
bug wip

SysBioChalmers/yeast-GEM#294 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2022年1月31日创建
feat: have SLIMEr as option
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 18/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#289 · 2021年12月11日创建
feat: curate grRules with GPRuler output
可能重新可做 @cheng-yu-zhang 于 1739 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
SysBioChalmers/yeast-GEM#288 · 已指派 2 人 · 2021年12月11日创建
doc: tutorial for yeast-GEM
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 40/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#286 · 2021年12月10日创建
feat:Missing annotations for Rhea and ModelSEED database
未关闭
- 哪里不对？
help wanted

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#231 · 3 条评论 · 1 个 reaction · 2020年6月19日创建
fix: remove generic reactions
未关闭
- 哪里不对？
question

难度 3/5 半天新手友好度 22/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#219 · 5 条评论 · 2020年5月5日创建
feat: allow contributions from python users
未关闭
- 哪里不对？
format fix standby

难度 5/5 一周以上新手友好度 8/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#218 · 1 条评论 · 2020年4月24日创建
fix: mass- and charge balance reactions
可能重新可做 @eiden309 于 2359 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
bug help wanted

SysBioChalmers/yeast-GEM#194 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 2 人 · 2019年7月22日创建
doc: update contribution guidelines
未关闭
- 哪里不对？
question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 15/100

SysBioChalmers/RAVEN#188 · 2 条评论 · 2018年11月8日创建

维护者通常 1 天内回复
feat: align RAVEN and COBRA model fields
未关闭
- 哪里不对？
COBRA discussion enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 12/100

SysBioChalmers/RAVEN#184 · 18 条评论 · 5 个 reaction · 2018年11月6日创建

维护者通常 1 天内回复
fix: biomass tests from memote
未关闭
- 哪里不对？
memote standby

难度 4/5 3-5 天新手友好度 18/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#138 · 1 条评论 · 2018年7月13日创建
fix: stoichiometric consistency due to SLIME rxns
未关闭
- 哪里不对？
help wanted memote question

难度 5/5 一周以上新手友好度 18/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#135 · 2018年7月13日创建
ATP/NADH issue
可能重新可做 @feiranl 于 3165 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
question

SysBioChalmers/yeast-GEM#64 · 6 条评论 · 已指派 2 人 · 2018年2月12日创建
feat: compartment curation
可能重新可做 @feiranl 于 3177 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
SysBioChalmers/yeast-GEM#61 · 6 条评论 · 已指派 2 人 · 2018年1月31日创建
fix: flux prediction through PPP
可能重新可做 @zhengmingzhu 于 3177 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
help wanted

SysBioChalmers/yeast-GEM#59 · 11 条评论 · 已指派 2 人 · 2018年1月30日创建
feat: apply curations from mitoYeast-GEM paper
未关闭
- 哪里不对？
enhancement help wanted

难度 4/5 一周以上新手友好度 12/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#12 · 3 条评论 · 2017年10月25日创建

SysBioChalmers

哪里不对？

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