SysBioChalmers

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• Curate r_1603: the thiamine pyrimidine (HMP-P) synthase uses PLP and histidine and needs O2

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#424 · Aperta il 7/10/2026

• Reconsider small and inconsistently named subsystems

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#420 · Aperta il 7/10/2026

• Ferrocytochrome b5 in the ER (s_4209) has charge 3 and ferricytochrome cross-references

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 77/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#419 · Aperta il 5/10/2026

• Proton leak (r_2129) is unbounded and can absorb oxygen without ATP

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#418 · Aperta il 25/9/2026

• ecYeastGEM: enzyme-constrained model available via ecModels; automated reconstruction planned

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#416 · Aperta il 24/9/2026

• Curation backlog: non-blocking findings from model-qc.yml

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#408 · Aperta il 1/9/2026

• Problem with fillGaps function

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  SysBioChalmers/RAVEN#608 · 1 commento · Aperta il 10/5/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• KEGG-derived model without compartmentalization

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  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 20/100

  SysBioChalmers/RAVEN#593 · 4 commenti · Aperta il 24/10/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• TranslateSBML_RAVEN.m fails on Apple M4

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  SysBioChalmers/RAVEN#582 · 3 commenti · Aperta il 24/4/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Implement YAML-based curation

  Forse di nuovo libera @edkerk l’ha presa 658 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#379 · 2 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 22/12/2024

• How to apply ftINIT to yeast-GEM

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 18/100

  SysBioChalmers/RAVEN#570 · 4 commenti · Aperta il 23/10/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Yeast-GEM visualization?

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#367 · 4 commenti · Aperta il 29/7/2024

• Is ftINIT compatible with other solvers than Gurobi?

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  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 22/100

  SysBioChalmers/RAVEN#548 · 2 commenti · Aperta il 12/6/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• PredictLocalization issue

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 15/100

  SysBioChalmers/RAVEN#545 · 1 commento · Aperta il 27/5/2024

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• feat: function to report if flux vector is ΔG-compatible

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  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#353 · Aperta il 28/9/2023

• duplicate metabolites identified

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 15/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#338 · 1 commento · Aperta il 6/6/2023

• reaction references

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#334 · Aperta il 11/4/2023

• feat: single ec-code annotation per reaction

  Forse di nuovo libera @edkerk l’ha presa 1588 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#319 · 5 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 5/6/2022

• feat: KEGG pathway annotation

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 22/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#317 · 1 reazione · Aperta il 5/6/2022

• feat: unit tests for functions

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  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 50/100

  SysBioChalmers/RAVEN#414 · Aperta il 2/5/2022

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• Feat-stoichiometry coefficients for subunits in the enzyme complex

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#297 · 10 commenti · Aperta il 31/1/2022

• Fix-amino acid pathways localization

  Forse di nuovo libera @LarsBlank l’ha presa 1714 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#294 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 31/1/2022

• feat: have SLIMEr as option

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#289 · Aperta il 11/12/2021

• feat: curate grRules with GPRuler output

  Forse di nuovo libera @cheng-yu-zhang l’ha presa 1737 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#288 · 2 assegnatari · Aperta il 11/12/2021

• doc: tutorial for yeast-GEM

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#286 · Aperta il 10/12/2021

• feat:Missing annotations for Rhea and ModelSEED database

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#231 · 3 commenti · 1 reazione · Aperta il 19/6/2020

• fix: remove generic reactions

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  question

  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 22/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#219 · 5 commenti · Aperta il 5/5/2020

• feat: allow contributions from python users

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  format fix standby

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 8/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#218 · 1 commento · Aperta il 24/4/2020

• fix: mass- and charge balance reactions

  Forse di nuovo libera @eiden309 l’ha presa 2358 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#194 · 2 commenti · 1 reazione · 2 assegnatari · Aperta il 22/7/2019

• doc: update contribution guidelines

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  question

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 15/100

  SysBioChalmers/RAVEN#188 · 2 commenti · Aperta il 8/11/2018

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• feat: align RAVEN and COBRA model fields

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  COBRA discussion enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 12/100

  SysBioChalmers/RAVEN#184 · 18 commenti · 5 reazioni · Aperta il 6/11/2018

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix: biomass tests from memote

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  memote standby

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#138 · 1 commento · Aperta il 13/7/2018

• fix: stoichiometric consistency due to SLIME rxns

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#135 · Aperta il 13/7/2018

• ATP/NADH issue

  Forse di nuovo libera @feiranl l’ha presa 3164 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  question

  SysBioChalmers/yeast-GEM#64 · 6 commenti · 2 assegnatari · Aperta il 12/2/2018

• feat: compartment curation

  Forse di nuovo libera @feiranl l’ha presa 3176 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#61 · 6 commenti · 2 assegnatari · Aperta il 31/1/2018

• fix: flux prediction through PPP

  Forse di nuovo libera @zhengmingzhu l’ha presa 3176 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#59 · 11 commenti · 2 assegnatari · Aperta il 30/1/2018

• feat: apply curations from mitoYeast-GEM paper

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  enhancement help wanted

  Difficoltà 4/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#12 · 3 commenti · Aperta il 25/10/2017