SysBioChalmers

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• Curate r_1603: the thiamine pyrimidine (HMP-P) synthase uses PLP and histidine and needs O2

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  curation

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#424 · Ouverte le 7/10/2026

• Reconsider small and inconsistently named subsystems

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#420 · Ouverte le 7/10/2026

• Ferrocytochrome b5 in the ER (s_4209) has charge 3 and ferricytochrome cross-references

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 77/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#419 · Ouverte le 5/10/2026

• Proton leak (r_2129) is unbounded and can absorb oxygen without ATP

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#418 · Ouverte le 25/9/2026

• ecYeastGEM: enzyme-constrained model available via ecModels; automated reconstruction planned

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#416 · Ouverte le 24/9/2026

• Curation backlog: non-blocking findings from model-qc.yml

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#408 · Ouverte le 1/9/2026

• Problem with fillGaps function

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  SysBioChalmers/RAVEN#608 · 1 commentaire · Ouverte le 10/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• KEGG-derived model without compartmentalization

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 20/100

  SysBioChalmers/RAVEN#593 · 4 commentaires · Ouverte le 24/10/2025

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• TranslateSBML_RAVEN.m fails on Apple M4

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 18/100

  SysBioChalmers/RAVEN#582 · 3 commentaires · Ouverte le 24/4/2025

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Implement YAML-based curation

  Peut-être à nouveau libre @edkerk l’a pris il y a 658 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#379 · 2 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 22/12/2024

• How to apply ftINIT to yeast-GEM

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 18/100

  SysBioChalmers/RAVEN#570 · 4 commentaires · Ouverte le 23/10/2024

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Yeast-GEM visualization?

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#367 · 4 commentaires · Ouverte le 29/7/2024

• Is ftINIT compatible with other solvers than Gurobi?

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 22/100

  SysBioChalmers/RAVEN#548 · 2 commentaires · Ouverte le 12/6/2024

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• PredictLocalization issue

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 15/100

  SysBioChalmers/RAVEN#545 · 1 commentaire · Ouverte le 27/5/2024

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• feat: function to report if flux vector is ΔG-compatible

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  enhancement

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#353 · Ouverte le 28/9/2023

• duplicate metabolites identified

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 15/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#338 · 1 commentaire · Ouverte le 6/6/2023

• reaction references

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#334 · Ouverte le 11/4/2023

• feat: single ec-code annotation per reaction

  Peut-être à nouveau libre @edkerk l’a pris il y a 1587 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#319 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 5/6/2022

• feat: KEGG pathway annotation

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 22/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#317 · 1 réaction · Ouverte le 5/6/2022

• feat: unit tests for functions

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 50/100

  SysBioChalmers/RAVEN#414 · Ouverte le 2/5/2022

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Feat-stoichiometry coefficients for subunits in the enzyme complex

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#297 · 10 commentaires · Ouverte le 31/1/2022

• Fix-amino acid pathways localization

  Peut-être à nouveau libre @LarsBlank l’a pris il y a 1714 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  bug wip

  SysBioChalmers/yeast-GEM#294 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 31/1/2022

• feat: have SLIMEr as option

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#289 · Ouverte le 11/12/2021

• feat: curate grRules with GPRuler output

  Peut-être à nouveau libre @cheng-yu-zhang l’a pris il y a 1737 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#288 · 2 personnes assignées · Ouverte le 11/12/2021

• doc: tutorial for yeast-GEM

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 40/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#286 · Ouverte le 10/12/2021

• feat:Missing annotations for Rhea and ModelSEED database

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  help wanted

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#231 · 3 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 19/6/2020

• fix: remove generic reactions

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  question

  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 22/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#219 · 5 commentaires · Ouverte le 5/5/2020

• feat: allow contributions from python users

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  format fix standby

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 8/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#218 · 1 commentaire · Ouverte le 24/4/2020

• fix: mass- and charge balance reactions

  Peut-être à nouveau libre @eiden309 l’a pris il y a 2358 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  bug help wanted

  SysBioChalmers/yeast-GEM#194 · 2 commentaires · 1 réaction · 2 personnes assignées · Ouverte le 22/7/2019

• doc: update contribution guidelines

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  question

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 15/100

  SysBioChalmers/RAVEN#188 · 2 commentaires · Ouverte le 8/11/2018

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• feat: align RAVEN and COBRA model fields

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  COBRA discussion enhancement

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  SysBioChalmers/RAVEN#184 · 18 commentaires · 5 réactions · Ouverte le 6/11/2018

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• fix: biomass tests from memote

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  memote standby

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#138 · 1 commentaire · Ouverte le 13/7/2018

• fix: stoichiometric consistency due to SLIME rxns

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  help wanted memote question

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#135 · Ouverte le 13/7/2018

• ATP/NADH issue

  Peut-être à nouveau libre @feiranl l’a pris il y a 3164 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  question

  SysBioChalmers/yeast-GEM#64 · 6 commentaires · 2 personnes assignées · Ouverte le 12/2/2018

• feat: compartment curation

  Peut-être à nouveau libre @feiranl l’a pris il y a 3176 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#61 · 6 commentaires · 2 personnes assignées · Ouverte le 31/1/2018

• fix: flux prediction through PPP

  Peut-être à nouveau libre @zhengmingzhu l’a pris il y a 3176 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#59 · 11 commentaires · 2 personnes assignées · Ouverte le 30/1/2018

• feat: apply curations from mitoYeast-GEM paper

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  enhancement help wanted

  Difficulté 4/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#12 · 3 commentaires · Ouverte le 25/10/2017