Hacktoberfest 2026: as issues que os mantenedores marcaram para outubro, abertas e boas para iniciantes. Ver issues do Hacktoberfest

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SysBioChalmers

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Para iniciantes Tudo
Abertas Todas

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  • Curate r_1603: the thiamine pyrimidine (HMP-P) synthase uses PLP and histidine and needs O2
    Aberta
    • Algo errado?
    curation

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 55/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#424 ·

  • Reconsider small and inconsistently named subsystems
    Aberta
    • Algo errado?
    curation

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#420 ·

  • Ferrocytochrome b5 in the ER (s_4209) has charge 3 and ferricytochrome cross-references
    Aberta
    • Algo errado?
    curation

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 77/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#419 ·

  • Proton leak (r_2129) is unbounded and can absorb oxygen without ATP
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#418 ·

  • ecYeastGEM: enzyme-constrained model available via ecModels; automated reconstruction planned
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#416 ·

  • Curation backlog: non-blocking findings from model-qc.yml
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#408 ·

  • Problem with fillGaps function
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    SysBioChalmers/RAVEN#608 · 1 comentário ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • KEGG-derived model without compartmentalization
    Aberta
    • Algo errado?
    help wanted

    Dificuldade 3/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 20/100

    SysBioChalmers/RAVEN#593 · 4 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • TranslateSBML_RAVEN.m fails on Apple M4
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 18/100

    SysBioChalmers/RAVEN#582 · 3 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Implement YAML-based curation
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    SysBioChalmers/yeast-GEM#379 · 2 comentários · 1 reação · 1 responsável ·

  • How to apply ftINIT to yeast-GEM
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 18/100

    SysBioChalmers/RAVEN#570 · 4 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Yeast-GEM visualization?
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 12/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#367 · 4 comentários ·

  • Is ftINIT compatible with other solvers than Gurobi?
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 22/100

    SysBioChalmers/RAVEN#548 · 2 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • PredictLocalization issue
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 15/100

    SysBioChalmers/RAVEN#545 · 1 comentário ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • feat: function to report if flux vector is ΔG-compatible
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#353 ·

  • duplicate metabolites identified
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 15/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#338 · 1 comentário ·

  • reaction references
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#334 ·

  • feat: single ec-code annotation per reaction
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    SysBioChalmers/yeast-GEM#319 · 5 comentários · 1 responsável ·

  • feat: KEGG pathway annotation
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 22/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#317 · 1 reação ·

  • feat: unit tests for functions
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 50/100

    SysBioChalmers/RAVEN#414 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Feat-stoichiometry coefficients for subunits in the enzyme complex
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 12/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#297 · 10 comentários ·

  • Fix-amino acid pathways localization
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    bug wip

    SysBioChalmers/yeast-GEM#294 · 1 comentário · 1 responsável ·

  • feat: have SLIMEr as option
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 18/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#289 ·

  • feat: curate grRules with GPRuler output
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    SysBioChalmers/yeast-GEM#288 · 2 responsáveis ·

  • doc: tutorial for yeast-GEM
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 40/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#286 ·

  • feat:Missing annotations for Rhea and ModelSEED database
    Aberta
    • Algo errado?
    help wanted

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#231 · 3 comentários · 1 reação ·

  • fix: remove generic reactions
    Aberta
    • Algo errado?
    question

    Dificuldade 3/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 22/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#219 · 5 comentários ·

  • feat: allow contributions from python users
    Aberta
    • Algo errado?
    format fix standby

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 8/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#218 · 1 comentário ·

  • fix: mass- and charge balance reactions
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    bug help wanted

    SysBioChalmers/yeast-GEM#194 · 2 comentários · 1 reação · 2 responsáveis ·

  • doc: update contribution guidelines
    Aberta
    • Algo errado?
    question

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 15/100

    SysBioChalmers/RAVEN#188 · 2 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • feat: align RAVEN and COBRA model fields
    Aberta
    • Algo errado?
    COBRA discussion enhancement

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 12/100

    SysBioChalmers/RAVEN#184 · 18 comentários · 5 reações ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • fix: biomass tests from memote
    Aberta
    • Algo errado?
    memote standby

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 18/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#138 · 1 comentário ·

  • fix: stoichiometric consistency due to SLIME rxns
    Aberta
    • Algo errado?
    help wanted memote question

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 18/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#135 ·

  • ATP/NADH issue
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    question

    SysBioChalmers/yeast-GEM#64 · 6 comentários · 2 responsáveis ·

  • feat: compartment curation
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    SysBioChalmers/yeast-GEM#61 · 6 comentários · 2 responsáveis ·

  • fix: flux prediction through PPP
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    help wanted

    SysBioChalmers/yeast-GEM#59 · 11 comentários · 2 responsáveis ·

  • feat: apply curations from mitoYeast-GEM paper
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement help wanted

    Dificuldade 4/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 12/100

    SysBioChalmers/yeast-GEM#12 · 3 comentários ·

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