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yeast-GEM
The consensus GEM for Saccharomyces cerevisiae

MATLAB · 137 個 star
RAVEN
The RAVEN Toolbox for genome scale model reconstruction, curation and analysis.

MATLAB · 131 個 star

適合新手全部

未關閉全部

可能已有人在做的 issue 排在最後。全部依時間排序

Curate r_1603: the thiamine pyrimidine (HMP-P) synthase uses PLP and histidine and needs O2
未關閉
- 哪裡不對？
curation

難度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#424 · 2026年10月7日建立
Reconsider small and inconsistently named subsystems
未關閉
- 哪裡不對？
curation

難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#420 · 2026年10月7日建立
Ferrocytochrome b5 in the ER (s_4209) has charge 3 and ferricytochrome cross-references
未關閉
- 哪裡不對？
curation

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 77/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#419 · 2026年10月5日建立
Proton leak (r_2129) is unbounded and can absorb oxygen without ATP
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#418 · 2026年9月25日建立
ecYeastGEM: enzyme-constrained model available via ecModels; automated reconstruction planned
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 25/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#416 · 2026年9月24日建立
Curation backlog: non-blocking findings from model-qc.yml
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 25/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#408 · 2026年9月1日建立
Problem with fillGaps function
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SysBioChalmers/RAVEN#608 · 1 則留言 · 2026年5月10日建立

維護者通常 1 天內回覆
KEGG-derived model without compartmentalization
未關閉
- 哪裡不對？
help wanted

難度 3/5 半天新手友好度 20/100

SysBioChalmers/RAVEN#593 · 4 則留言 · 2025年10月24日建立

維護者通常 1 天內回覆
TranslateSBML_RAVEN.m fails on Apple M4
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 18/100

SysBioChalmers/RAVEN#582 · 3 則留言 · 2025年4月24日建立

維護者通常 1 天內回覆
Implement YAML-based curation
可能重新可做 @edkerk 於 661 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
SysBioChalmers/yeast-GEM#379 · 2 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 1 人 · 2024年12月22日建立
How to apply ftINIT to yeast-GEM
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 18/100

SysBioChalmers/RAVEN#570 · 4 則留言 · 2024年10月23日建立

維護者通常 1 天內回覆
Yeast-GEM visualization?
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 12/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#367 · 4 則留言 · 2024年7月29日建立
Is ftINIT compatible with other solvers than Gurobi?
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 半天新手友好度 22/100

SysBioChalmers/RAVEN#548 · 2 則留言 · 2024年6月12日建立

維護者通常 1 天內回覆
PredictLocalization issue
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 15/100

SysBioChalmers/RAVEN#545 · 1 則留言 · 2024年5月27日建立

維護者通常 1 天內回覆
feat: function to report if flux vector is ΔG-compatible
未關閉
- 哪裡不對？
enhancement

難度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#353 · 2023年9月28日建立
duplicate metabolites identified
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 15/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#338 · 1 則留言 · 2023年6月6日建立
reaction references
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#334 · 2023年4月11日建立
feat: single ec-code annotation per reaction
可能重新可做 @edkerk 於 1590 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
SysBioChalmers/yeast-GEM#319 · 5 則留言 · 已指派 1 人 · 2022年6月5日建立
feat: KEGG pathway annotation
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 22/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#317 · 1 個 reaction · 2022年6月5日建立
feat: unit tests for functions
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 半天新手友好度 50/100

SysBioChalmers/RAVEN#414 · 2022年5月2日建立

維護者通常 1 天內回覆
Feat-stoichiometry coefficients for subunits in the enzyme complex
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 12/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#297 · 10 則留言 · 2022年1月31日建立
Fix-amino acid pathways localization
可能重新可做 @LarsBlank 於 1717 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
bug wip

SysBioChalmers/yeast-GEM#294 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2022年1月31日建立
feat: have SLIMEr as option
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 18/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#289 · 2021年12月11日建立
feat: curate grRules with GPRuler output
可能重新可做 @cheng-yu-zhang 於 1740 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
SysBioChalmers/yeast-GEM#288 · 已指派 2 人 · 2021年12月11日建立
doc: tutorial for yeast-GEM
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 40/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#286 · 2021年12月10日建立
feat:Missing annotations for Rhea and ModelSEED database
未關閉
- 哪裡不對？
help wanted

難度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#231 · 3 則留言 · 1 個 reaction · 2020年6月19日建立
fix: remove generic reactions
未關閉
- 哪裡不對？
question

難度 3/5 半天新手友好度 22/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#219 · 5 則留言 · 2020年5月5日建立
feat: allow contributions from python users
未關閉
- 哪裡不對？
format fix standby

難度 5/5 一週以上新手友好度 8/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#218 · 1 則留言 · 2020年4月24日建立
fix: mass- and charge balance reactions
可能重新可做 @eiden309 於 2360 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
bug help wanted

SysBioChalmers/yeast-GEM#194 · 2 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 2 人 · 2019年7月22日建立
doc: update contribution guidelines
未關閉
- 哪裡不對？
question

難度 3/5 1-2 天新手友好度 15/100

SysBioChalmers/RAVEN#188 · 2 則留言 · 2018年11月8日建立

維護者通常 1 天內回覆
feat: align RAVEN and COBRA model fields
未關閉
- 哪裡不對？
COBRA discussion enhancement

難度 5/5 一週以上新手友好度 12/100

SysBioChalmers/RAVEN#184 · 18 則留言 · 5 個 reaction · 2018年11月6日建立

維護者通常 1 天內回覆
fix: biomass tests from memote
未關閉
- 哪裡不對？
memote standby

難度 4/5 3-5 天新手友好度 18/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#138 · 1 則留言 · 2018年7月13日建立
fix: stoichiometric consistency due to SLIME rxns
未關閉
- 哪裡不對？
help wanted memote question

難度 5/5 一週以上新手友好度 18/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#135 · 2018年7月13日建立
ATP/NADH issue
可能重新可做 @feiranl 於 3166 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
question

SysBioChalmers/yeast-GEM#64 · 6 則留言 · 已指派 2 人 · 2018年2月12日建立
feat: compartment curation
可能重新可做 @feiranl 於 3178 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
SysBioChalmers/yeast-GEM#61 · 6 則留言 · 已指派 2 人 · 2018年1月31日建立
fix: flux prediction through PPP
可能重新可做 @zhengmingzhu 於 3179 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
help wanted

SysBioChalmers/yeast-GEM#59 · 11 則留言 · 已指派 2 人 · 2018年1月30日建立
feat: apply curations from mitoYeast-GEM paper
未關閉
- 哪裡不對？
enhancement help wanted

難度 4/5 一週以上新手友好度 12/100

SysBioChalmers/yeast-GEM#12 · 3 則留言 · 2017年10月25日建立

SysBioChalmers

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

哪裡不對？

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