SysBioChalmers

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• Curate r_1603: the thiamine pyrimidine (HMP-P) synthase uses PLP and histidine and needs O2

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#424 · Abierto el 7/10/2026

• Reconsider small and inconsistently named subsystems

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#420 · Abierto el 7/10/2026

• Ferrocytochrome b5 in the ER (s_4209) has charge 3 and ferricytochrome cross-references

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 77/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#419 · Abierto el 5/10/2026

• Proton leak (r_2129) is unbounded and can absorb oxygen without ATP

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#418 · Abierto el 25/9/2026

• ecYeastGEM: enzyme-constrained model available via ecModels; automated reconstruction planned

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#416 · Abierto el 24/9/2026

• Curation backlog: non-blocking findings from model-qc.yml

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#408 · Abierto el 1/9/2026

• Problem with fillGaps function

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  SysBioChalmers/RAVEN#608 · 1 comentario · Abierto el 10/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• KEGG-derived model without compartmentalization

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 20/100

  SysBioChalmers/RAVEN#593 · 4 comentarios · Abierto el 24/10/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• TranslateSBML_RAVEN.m fails on Apple M4

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 18/100

  SysBioChalmers/RAVEN#582 · 3 comentarios · Abierto el 24/4/2025

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Implement YAML-based curation

  Quizá libre de nuevo @edkerk la tomó hace 657 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#379 · 2 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 22/12/2024

• How to apply ftINIT to yeast-GEM

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 18/100

  SysBioChalmers/RAVEN#570 · 4 comentarios · Abierto el 23/10/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Yeast-GEM visualization?

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#367 · 4 comentarios · Abierto el 29/7/2024

• Is ftINIT compatible with other solvers than Gurobi?

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 22/100

  SysBioChalmers/RAVEN#548 · 2 comentarios · Abierto el 12/6/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• PredictLocalization issue

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 15/100

  SysBioChalmers/RAVEN#545 · 1 comentario · Abierto el 27/5/2024

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• feat: function to report if flux vector is ΔG-compatible

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  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#353 · Abierto el 28/9/2023

• duplicate metabolites identified

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 15/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#338 · 1 comentario · Abierto el 6/6/2023

• reaction references

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#334 · Abierto el 11/4/2023

• feat: single ec-code annotation per reaction

  Quizá libre de nuevo @edkerk la tomó hace 1586 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#319 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 5/6/2022

• feat: KEGG pathway annotation

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 22/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#317 · 1 reacción · Abierto el 5/6/2022

• feat: unit tests for functions

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 50/100

  SysBioChalmers/RAVEN#414 · Abierto el 2/5/2022

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Feat-stoichiometry coefficients for subunits in the enzyme complex

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#297 · 10 comentarios · Abierto el 31/1/2022

• Fix-amino acid pathways localization

  Quizá libre de nuevo @LarsBlank la tomó hace 1712 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bug wip

  SysBioChalmers/yeast-GEM#294 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 31/1/2022

• feat: have SLIMEr as option

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#289 · Abierto el 11/12/2021

• feat: curate grRules with GPRuler output

  Quizá libre de nuevo @cheng-yu-zhang la tomó hace 1736 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#288 · 2 asignados · Abierto el 11/12/2021

• doc: tutorial for yeast-GEM

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 40/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#286 · Abierto el 10/12/2021

• feat:Missing annotations for Rhea and ModelSEED database

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#231 · 3 comentarios · 1 reacción · Abierto el 19/6/2020

• fix: remove generic reactions

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  question

  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 22/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#219 · 5 comentarios · Abierto el 5/5/2020

• feat: allow contributions from python users

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  format fix standby

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 8/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#218 · 1 comentario · Abierto el 24/4/2020

• fix: mass- and charge balance reactions

  Quizá libre de nuevo @eiden309 la tomó hace 2356 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#194 · 2 comentarios · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 22/7/2019

• doc: update contribution guidelines

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  question

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 15/100

  SysBioChalmers/RAVEN#188 · 2 comentarios · Abierto el 8/11/2018

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• feat: align RAVEN and COBRA model fields

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  COBRA discussion enhancement

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 12/100

  SysBioChalmers/RAVEN#184 · 18 comentarios · 5 reacciones · Abierto el 6/11/2018

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• fix: biomass tests from memote

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  memote standby

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#138 · 1 comentario · Abierto el 13/7/2018

• fix: stoichiometric consistency due to SLIME rxns

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  help wanted memote question

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 18/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#135 · Abierto el 13/7/2018

• ATP/NADH issue

  Quizá libre de nuevo @feiranl la tomó hace 3162 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#64 · 6 comentarios · 2 asignados · Abierto el 12/2/2018

• feat: compartment curation

  Quizá libre de nuevo @feiranl la tomó hace 3174 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#61 · 6 comentarios · 2 asignados · Abierto el 31/1/2018

• fix: flux prediction through PPP

  Quizá libre de nuevo @zhengmingzhu la tomó hace 3175 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  SysBioChalmers/yeast-GEM#59 · 11 comentarios · 2 asignados · Abierto el 30/1/2018

• feat: apply curations from mitoYeast-GEM paper

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  Dificultad 4/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 12/100

  SysBioChalmers/yeast-GEM#12 · 3 comentarios · Abierto el 25/10/2017