Allowing extract_array calls to use pre-indexed grid information?
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評估
- 難度
- 5/5
- 預估耗時
- 一週以上
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 類型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要釐清
- 活躍度
- 停滯
- 技術堆疊
- r
- 領域
- performance
研究方向
首先閱讀 extract_array 和 rowAutoGrid 入口點，然後查看 LTLA/beachmat#20 中描述的用於預先索引 dgCMatrix 列區塊的方法。完整的變更應定義一種通用方式，讓合適的 DelayedArray 後端能夠使用預先索引的網格資訊，並展示以列為基礎的擷取效能有所改善。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
The recent conversation in theislab/zellkonverter#34 reminded me of some work I did in LTLA/beachmat#20. Briefly, the idea was to speed up row-based block processing of dgCMatrix by performing a single pass over the non-zero elements beforehand to identify the start and end of each row block in each column. This avoids the need for costly per-column binary searches when each row block is extracted in the usual way, and gives a ~10-fold speed-up in row-based processing of dgCMatrixes.
Now I'm wondering whether this approach can be generalized somehow so that other DelayedArray backends can benefit. Perhaps functions like rowAutoGrid() can decorate the grid object with extra information that allows extract_array to efficiently obtain the necessary bits and pieces, if a suitable object like a dgCMatrix is passed?
Happy to give this - or other ideas - a crack with a PR if there is some interest.
- 主要語言
- R
- 星號
- 29
- 分支
- 12
- PR 合併指標
- 30 天內沒有已合併 PR
貢獻指南
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從這裡開始
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