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Allowing extract_array calls to use pre-indexed grid information?

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
performance

Direzione di ricerca

Inizia leggendo i punti di ingresso extract_array e rowAutoGrid, quindi esamina l'approccio descritto in LTLA/beachmat#20 per la preindicizzazione dei blocchi di righe di dgCMatrix. Una modifica completa definirebbe un modo generale affinché i backend DelayedArray idonei possano usare informazioni di griglia preindicizzate e dimostrerebbe prestazioni migliori nell'estrazione basata sulle righe.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

The recent conversation in theislab/zellkonverter#34 reminded me of some work I did in LTLA/beachmat#20. Briefly, the idea was to speed up row-based block processing of dgCMatrix by performing a single pass over the non-zero elements beforehand to identify the start and end of each row block in each column. This avoids the need for costly per-column binary searches when each row block is extracted in the usual way, and gives a ~10-fold speed-up in row-based processing of dgCMatrixes.

Now I'm wondering whether this approach can be generalized somehow so that other DelayedArray backends can benefit. Perhaps functions like rowAutoGrid() can decorate the grid object with extra information that allows extract_array to efficiently obtain the necessary bits and pieces, if a suitable object like a dgCMatrix is passed?

Happy to give this - or other ideas - a crack with a PR if there is some interest.

Lingua principale
R
Stelle
29
Fork
12
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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