Allowing extract_array calls to use pre-indexed grid information?
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评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- r
- 领域
- performance
调研方向
首先阅读 extract_array 和 rowAutoGrid 入口点，然后查看 LTLA/beachmat#20 中描述的用于预索引 dgCMatrix 行块的方法。完整的修改应定义一种通用方式，使合适的 DelayedArray 后端能够使用预索引的网格信息，并展示基于行的提取性能得到改善。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
The recent conversation in theislab/zellkonverter#34 reminded me of some work I did in LTLA/beachmat#20. Briefly, the idea was to speed up row-based block processing of dgCMatrix by performing a single pass over the non-zero elements beforehand to identify the start and end of each row block in each column. This avoids the need for costly per-column binary searches when each row block is extracted in the usual way, and gives a ~10-fold speed-up in row-based processing of dgCMatrixes.
Now I'm wondering whether this approach can be generalized somehow so that other DelayedArray backends can benefit. Perhaps functions like rowAutoGrid() can decorate the grid object with extra information that allows extract_array to efficiently obtain the necessary bits and pieces, if a suitable object like a dgCMatrix is passed?
Happy to give this - or other ideas - a crack with a PR if there is some interest.
- 主要语言
- R
- 星标
- 29
- 派生
- 12
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
贡献指南
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