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Allowing extract_array calls to use pre-indexed grid information?

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
25/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
performance

Piste de recherche

Commencez par lire les points d’entrée extract_array et rowAutoGrid, puis examinez l’approche décrite dans LTLA/beachmat#20 pour la pré-indexation des blocs de lignes de dgCMatrix. Une modification complète définirait une manière générale permettant aux backends DelayedArray appropriés d’utiliser les informations de grille pré-indexées et démontrerait une amélioration des performances de l’extraction par lignes.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

The recent conversation in theislab/zellkonverter#34 reminded me of some work I did in LTLA/beachmat#20. Briefly, the idea was to speed up row-based block processing of dgCMatrix by performing a single pass over the non-zero elements beforehand to identify the start and end of each row block in each column. This avoids the need for costly per-column binary searches when each row block is extracted in the usual way, and gives a ~10-fold speed-up in row-based processing of dgCMatrixes.

Now I'm wondering whether this approach can be generalized somehow so that other DelayedArray backends can benefit. Perhaps functions like rowAutoGrid() can decorate the grid object with extra information that allows extract_array to efficiently obtain the necessary bits and pieces, if a suitable object like a dgCMatrix is passed?

Happy to give this - or other ideas - a crack with a PR if there is some interest.

Langage dominant
R
Étoiles
29
Forks
12
Aucune PR mergée en 30 j

Guide de contribution

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