readVcf does not recognize my vcf file?

オープン

#82 2024年5月15日に作成コメント 6 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

評価

難易度: 3/5
見積もり時間: 1〜2日
初心者へのやさしさ: 45/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: 説明が足りない
活発さ: 静か
技術スタック: r
領域: bioinformatics

調査の方向性

レポートで説明されている readVcf の呼び出しとダウンロードされた snvs_ ファイルから始めます。入力ヘッダーを調べ、readVcf が想定する VCF ヘッダー形式と比較してから、関連するコメントを確認して診断がないか調べます。ファイルがサポートされていないかどうかを明らかにするか、再現可能な互換性修正または指針を特定できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:

> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?

The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.

I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!

主要言語: R
スター: 32
フォーク: 21
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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