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readVcf does not recognize my vcf file?

Abierto
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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
45/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
r
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Comienza con la llamada a readVcf y el archivo snvs_ descargado descrito en el informe. Inspecciona el encabezado de entrada y compáralo con el formato de encabezado VCF esperado por readVcf; después, revisa los comentarios relacionados para determinar si contienen algún diagnóstico. Se considera completado cuando se haya establecido si los archivos no son compatibles o se haya identificado una corrección de compatibilidad reproducible o una guía al respecto.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:

> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?

The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.

I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!

Lenguaje dominante
R
Estrellas
32
Forks
21
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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