readVcf does not recognize my vcf file?
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 45/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 冷清
- 技术栈
- r
调研方向
从报告中描述的 readVcf 调用和已下载的 snvs_ 文件开始。检查输入标头，并将其与 readVcf 所期望的 VCF 标头格式进行比较，然后查看相关评论以确定是否有任何诊断信息。确定这些文件是否不受支持，或找出可复现的兼容性修复方案或指导，即表示完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:
> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?
The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.
I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!
- 主要语言
- R
- 星标
- 32
- 派生
- 21
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
贡献指南
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从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
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