Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

readVcf does not recognize my vcf file?

Đang mở
#82 6 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với lệnh gọi readVcf và tệp snvs_ đã tải xuống được mô tả trong báo cáo. Kiểm tra header đầu vào và so sánh với định dạng header VCF mà readVcf yêu cầu, sau đó xem các bình luận liên quan để tìm chẩn đoán nếu có. Hoàn tất khi xác định được liệu các tệp có không được hỗ trợ hay xác định được một bản sửa lỗi tương thích có thể tái lập hoặc hướng dẫn phù hợp.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:

> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?

The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.

I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!

Ngôn ngữ chính
R
Star
32
Fork
21
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation

Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.