CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 55/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- python
- 領域
- computer-vision, data
調査の方向性
src/spatialdata_io/readers/cosmx.py の197行目付近から始め、FOV0046.tiff を使って dask_image.imread.imread() から報告された shape を再現してください。reader が画像の次元をどのように解釈しているかを追跡し、報告された順序が下流の可視化で正しく処理されていることを確認してください。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The CosMx reader implements some pretty rigid expectations about image dimension order in input images here:
https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/cosmx.py#L197
In the course of testing a pipeline for processing data for the SenNet and HuBMAP consortia, I've encountered data where dask_image.imread.imread() returns data with dimensions ordered like this:
>>> img = imread.imread('FOV0046.tiff')
>>> img
dask.array<_map_read_frame, shape=(5, 4256, 4256), dtype=uint16, chunksize=(1, 4256, 4256), chunktype=numpy.ndarray>
The transposition of C and Y dimensions relative to the reader's expectations results in some issues visualizing data downstream. I understand that there's a new CosMx reader in development, and am wondering if it will have more flexible expectations about image dimension ordering, and if there's a timeline for the release of the new reader.
- 主要言語
- Python
- スター
- 103
- フォーク
- 65
- 平均マージ
- 1時間 8分
- マージ済み PR（30日）
- 3
環境構築
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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