Visium in matrix market format
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 52/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- python
- 領域
- bioinformatics, data
調査の方向性
まず関連する issue #287 と、Visium または 10x 形式の入力に対応するリポジトリ既存の reader を確認します。barcodes.tsv.gz、matrix.mtx、features.tsv.gz がどのように処理されているかを比較し、説明されている matrix market format を認識して正常に読み取れることと、適切な coverage があることを完了条件として定義します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Probably tangentially related to #287 , however this is also a semi common issue for visium data. For example, the entire WUSTL pancreatic cancer cohort from the human tumor atlas cohort provides their data in the matrix market format. It seems similar to the format where there is a barcodes.tsv.gz, matrix.mtx, and features.tsv.gz in some older 10x single cell datasets. Would it be worth adding a function to recognize this format and read it?
- 主要言語
- Python
- スター
- 103
- フォーク
- 65
- 平均マージ
- 1時間 8分
- マージ済み PR（30日）
- 3
環境構築
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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