Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select
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評価
調査の方向性
エントリーポイント visium_hd() から開始し、省略された dataset_id が要素のプレフィックスと座標系の命名にどのように使用されるかを追跡します。feature_slice.h5 を使ってプレフィックスなしのケースを再現し、その結果の座標系に選択可能な空でない名前が付いていること、および napari-spatialdata で下流の処理においてフル解像度の画像を表示できることを確認します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi, and thanks for maintaining spatialdata-io!
When the Visium HD files have no filename prefix (e.g. feature_slice.h5) and dataset_id is not provided, visium_hd() falls back to dataset_id="".
Since dataset_id is used both as element prefix and as coordinate-system name, this yields an empty coordinate system that is problematic downstream: for instance, napari-spatialdata silently ignores it and shows it as a blank row, so the full-resolution image can't be displayed at all. This was reported as a Sopa bug in prism-oncology/sopa#446 before we traced it here.
That could be avoided by either defaulting to a non-empty identifier, or keeping "" but naming the coordinate system "global" when dataset_id is empty.
Thanks!
- 主要言語
- Python
- スター
- 103
- フォーク
- 65
- 平均マージ
- 1時間 8分
- マージ済み PR（30日）
- 3
環境構築
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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