CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 55/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- computer-vision, data
Línea de trabajo
Comience en src/spatialdata_io/readers/cosmx.py, alrededor de la línea 197, y reproduzca la forma indicada por dask_image.imread.imread() usando FOV0046.tiff. Rastree cómo el reader interpreta las dimensiones de la imagen y verifique que el orden indicado se gestione correctamente para la visualización posterior.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
The CosMx reader implements some pretty rigid expectations about image dimension order in input images here:
https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/cosmx.py#L197
In the course of testing a pipeline for processing data for the SenNet and HuBMAP consortia, I've encountered data where dask_image.imread.imread() returns data with dimensions ordered like this:
>>> img = imread.imread('FOV0046.tiff')
>>> img
dask.array<_map_read_frame, shape=(5, 4256, 4256), dtype=uint16, chunksize=(1, 4256, 4256), chunktype=numpy.ndarray>
The transposition of C and Y dimensions relative to the reader's expectations results in some issues visualizing data downstream. I understand that there's a new CosMx reader in development, and am wondering if it will have more flexible expectations about image dimension ordering, and if there's a timeline for the release of the new reader.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 65
- Merge medio
- 1 h 8 min
- PR fusionados (30 d)
- 3
Preparar el entorno
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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