CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 55/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 冷清
- 技术栈
- python
- 领域
- computer-vision, data
调研方向
从 src/spatialdata_io/readers/cosmx.py 约第 197 行开始，使用 FOV0046.tiff 重现 dask_image.imread.imread() 报告的 shape。跟踪 reader 如何解释图像维度，并验证报告的顺序是否针对下游可视化得到了正确处理。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
The CosMx reader implements some pretty rigid expectations about image dimension order in input images here:
https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/cosmx.py#L197
In the course of testing a pipeline for processing data for the SenNet and HuBMAP consortia, I've encountered data where dask_image.imread.imread() returns data with dimensions ordered like this:
>>> img = imread.imread('FOV0046.tiff')
>>> img
dask.array<_map_read_frame, shape=(5, 4256, 4256), dtype=uint16, chunksize=(1, 4256, 4256), chunktype=numpy.ndarray>
The transposition of C and Y dimensions relative to the reader's expectations results in some issues visualizing data downstream. I understand that there's a new CosMx reader in development, and am wondering if it will have more flexible expectations about image dimension ordering, and if there's a timeline for the release of the new reader.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 65
- 平均合并
- 1 小时 8 分钟
- 30 天内合并 PR
- 3
环境准备
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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