CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 55/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Ít trao đổi
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- computer-vision, data
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu tại src/spatialdata_io/readers/cosmx.py, khoảng dòng 197, và tái hiện shape được báo cáo từ dask_image.imread.imread() bằng FOV0046.tiff. Theo dõi cách reader diễn giải các chiều của ảnh và xác minh rằng thứ tự được báo cáo được xử lý chính xác cho việc trực quan hóa downstream.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
The CosMx reader implements some pretty rigid expectations about image dimension order in input images here:
https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/cosmx.py#L197
In the course of testing a pipeline for processing data for the SenNet and HuBMAP consortia, I've encountered data where dask_image.imread.imread() returns data with dimensions ordered like this:
>>> img = imread.imread('FOV0046.tiff')
>>> img
dask.array<_map_read_frame, shape=(5, 4256, 4256), dtype=uint16, chunksize=(1, 4256, 4256), chunktype=numpy.ndarray>
The transposition of C and Y dimensions relative to the reader's expectations results in some issues visualizing data downstream. I understand that there's a new CosMx reader in development, and am wondering if it will have more flexible expectations about image dimension ordering, and if there's a timeline for the release of the new reader.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 103
- Fork
- 65
- Merge trung bình
- 1 giờ 8 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 3
Chuẩn bị môi trường
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
-
bug
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
qgis/QGIS-Plugins-Website#459 ·
-
bug severity:medium
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
bot-found bug priority: P3
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
madenvel/KalinkaPlayer#179 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
ls1intum/edutelligence#1098 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày