visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results
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評価
調査の方向性
visium_hd() リーダーから開始し、load_segmentations_only がセグメンテーション結果とビニングされたデータの読み込みをどのように制御しているかを追跡します。実装をドキュメントに記載された動作と比較し、そのうえで、リーダーがビニングされたデータ、セグメンテーション、またはその両方の読み込みをどのように表現すべきかを定義し、サポートされている各オプションを検証します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi, I am on spatialdata-io 0.5.1 and I noticed that for the visium_hd() reader, the load_segmentations_only=False does not strictly replicate legacy behavior.
The docstring states:
load_segmentations_only
If `True`, only the segmented cell boundaries and their associated counts will be loaded. All binned data
will be skipped. If `False`, only the binned data will be loaded (which is consistent with legacy behavior).
If `None` (default), it will be equivalent to `False`, but a deprecation warning will be raised to inform users that
in future releases the default value will be changed to `True`. To avoid the warning, explicitly set this parameter to
`False` or `True`.
However, regardles of whether load_segmentations_only is True or False, segmentation results are loaded if present. load_segmentations_only currently only seems to have an effect on whether the binned data is loaded or not.
I think the desired behavior would indeed be that the users has a choice of whether to load the binned data, the segmentation results or both. Note that even if the reader behaved as stated in the docstring, this would then not give you the option of reading in both.
Thanks!
- 主要言語
- Python
- スター
- 103
- フォーク
- 64
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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