visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results
还没有人认领这个 Issue。
评估
调研方向
从 visium_hd() reader 开始，跟踪 load_segmentations_only 如何控制分割结果和分箱数据的加载。将实现与文档中描述的行为进行比较，然后定义 reader 应如何表示加载分箱数据、分割结果或两者，并验证每个受支持的选项。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi, I am on spatialdata-io 0.5.1 and I noticed that for the visium_hd() reader, the load_segmentations_only=False does not strictly replicate legacy behavior.
The docstring states:
load_segmentations_only
If `True`, only the segmented cell boundaries and their associated counts will be loaded. All binned data
will be skipped. If `False`, only the binned data will be loaded (which is consistent with legacy behavior).
If `None` (default), it will be equivalent to `False`, but a deprecation warning will be raised to inform users that
in future releases the default value will be changed to `True`. To avoid the warning, explicitly set this parameter to
`False` or `True`.
However, regardles of whether load_segmentations_only is True or False, segmentation results are loaded if present. load_segmentations_only currently only seems to have an effect on whether the binned data is loaded or not.
I think the desired behavior would indeed be that the users has a choice of whether to load the binned data, the segmentation results or both. Note that even if the reader behaved as stated in the docstring, this would then not give you the option of reading in both.
Thanks!
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
scverse/spatialdata-io 的其他 Issue
-
documentation
难度 2/5 半天 新手友好度 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 条评论 ·
-
bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 条评论 ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats可能已有人在做 @adamjtaylor 于 84 天前认领。 未关闭
难度 5/5 一周以上 新手友好度 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 个 reaction ·
-
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
查看 scverse/spatialdata-io 的全部 Issue
相似的 Issue
-
approved Good First Issue scope: docs
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 85/100
hiero-ledger/hiero-sdk-python#2730 · 3 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 62/100
wemake-services/wemake-django-template#3178 · 1 个 reaction ·
维护者通常 1 天内回复
-
md/asciidoc/csv: an explicit `encoding="utf-8"` keeps a leading BOM, the auto-detect path drops it未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 82/100
docling-project/docling#4846 ·
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
neurostuff/NiMARE#1181 ·
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
pytest-dev/pytest#15180 ·
维护者通常 1 天内回复