visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
Línea de trabajo
Comienza en el lector visium_hd() y sigue cómo load_segmentations_only controla la carga de los resultados de segmentación y los datos agrupados en bins. Compara la implementación con el comportamiento documentado y, después, define cómo debería representar el lector la carga de datos agrupados en bins, segmentaciones o ambos, y verifica cada opción compatible.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi, I am on spatialdata-io 0.5.1 and I noticed that for the visium_hd() reader, the load_segmentations_only=False does not strictly replicate legacy behavior.
The docstring states:
load_segmentations_only
If `True`, only the segmented cell boundaries and their associated counts will be loaded. All binned data
will be skipped. If `False`, only the binned data will be loaded (which is consistent with legacy behavior).
If `None` (default), it will be equivalent to `False`, but a deprecation warning will be raised to inform users that
in future releases the default value will be changed to `True`. To avoid the warning, explicitly set this parameter to
`False` or `True`.
However, regardles of whether load_segmentations_only is True or False, segmentation results are loaded if present. load_segmentations_only currently only seems to have an effect on whether the binned data is loaded or not.
I think the desired behavior would indeed be that the users has a choice of whether to load the binned data, the segmentation results or both. Note that even if the reader behaved as stated in the docstring, this would then not give you the option of reading in both.
Thanks!
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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