Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#359 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu từ reader visium_hd() và theo dõi cách load_segmentations_only điều khiển việc tải các kết quả phân đoạn và dữ liệu được gom theo bin. So sánh triển khai với hành vi được ghi trong tài liệu, sau đó xác định reader nên biểu diễn việc tải dữ liệu được gom theo bin, các phân đoạn hay cả hai như thế nào, và kiểm tra từng tùy chọn được hỗ trợ.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi, I am on spatialdata-io 0.5.1 and I noticed that for the visium_hd() reader, the load_segmentations_only=False does not strictly replicate legacy behavior.

The docstring states:

load_segmentations_only
      If `True`, only the segmented cell boundaries and their associated counts will be loaded. All binned data
      will be skipped. If `False`, only the binned data will be loaded (which is consistent with legacy behavior).
      If `None` (default), it will be equivalent to `False`, but a deprecation warning will be raised to inform users that
      in future releases the default value will be changed to `True`. To avoid the warning, explicitly set this parameter to
      `False` or `True`.

However, regardles of whether load_segmentations_only is True or False, segmentation results are loaded if present. load_segmentations_only currently only seems to have an effect on whether the binned data is loaded or not.

I think the desired behavior would indeed be that the users has a choice of whether to load the binned data, the segmentation results or both. Note that even if the reader behaved as stated in the docstring, this would then not give you the option of reading in both.

Thanks!

Ngôn ngữ chính
Python
Star
105
Fork
64
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của scverse/spatialdata-io

Tất cả issue của scverse/spatialdata-io

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.