Missing tiles in Xenium H&E image
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評価
調査の方向性
リンク先の10x Genomicsデータセットに対してデフォルトパラメータで xenium() を実行して問題を再現し、そのH&E画像を spatialdata-plot でプロットします。結果をQuPathで元の .ome.tif と比較し、なぜ同じタイルが欠落しているのかを調査します。プロットした画像にすべてのソースタイルが含まれていれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I ran xenium() with default parameters on official data from 10x Genomics (such as https://www.10xgenomics.com/datasets/ffpe-human-breast-with-custom-add-on-panel-1-standard).
However, I noticed that when I plotted the H&E image using the spatialdata-plot package, there were some missing tiles, as shown in the following image:
The missing tiles are always the same if I run xenium() multiple times, so it doesn't look like a random drop.
I checked the original .ome.tif image in QuPath and there are no missing tiles.
Packages version:
spatialdata = 0.2.5spatialdata-io = 0.1.5spatialdata-plot = 0.2.7
- 主要言語
- Python
- スター
- 103
- フォーク
- 64
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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