Missing tiles in Xenium H&E image
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Reproduce el problema ejecutando xenium() con los parámetros predeterminados en el conjunto de datos de 10x Genomics enlazado y, después, representa su imagen H&E con spatialdata-plot. Compara el resultado con el .ome.tif original en QuPath e investiga por qué faltan las mismas teselas; se considera terminado cuando la imagen representada contiene todas las teselas de origen.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I ran xenium() with default parameters on official data from 10x Genomics (such as https://www.10xgenomics.com/datasets/ffpe-human-breast-with-custom-add-on-panel-1-standard).
However, I noticed that when I plotted the H&E image using the spatialdata-plot package, there were some missing tiles, as shown in the following image:
The missing tiles are always the same if I run xenium() multiple times, so it doesn't look like a random drop.
I checked the original .ome.tif image in QuPath and there are no missing tiles.
Packages version:
spatialdata = 0.2.5spatialdata-io = 0.1.5spatialdata-plot = 0.2.7
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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