Missing tiles in Xenium H&E image
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
Hướng nghiên cứu
Tái hiện sự cố bằng cách chạy xenium() với các tham số mặc định trên bộ dữ liệu 10x Genomics được liên kết, sau đó vẽ ảnh H&E của nó bằng spatialdata-plot. So sánh kết quả với .ome.tif gốc trong QuPath và điều tra lý do các tile giống nhau bị thiếu; hoàn thành khi ảnh được vẽ chứa tất cả các tile nguồn.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I ran xenium() with default parameters on official data from 10x Genomics (such as https://www.10xgenomics.com/datasets/ffpe-human-breast-with-custom-add-on-panel-1-standard).
However, I noticed that when I plotted the H&E image using the spatialdata-plot package, there were some missing tiles, as shown in the following image:
The missing tiles are always the same if I run xenium() multiple times, so it doesn't look like a random drop.
I checked the original .ome.tif image in QuPath and there are no missing tiles.
Packages version:
spatialdata = 0.2.5spatialdata-io = 0.1.5spatialdata-plot = 0.2.7
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 103
- Fork
- 64
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsCó thể đã có người làm @adamjtaylor đã nhận 84 ngày trước. Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
md/asciidoc/csv: an explicit `encoding="utf-8"` keeps a leading BOM, the auto-detect path drops itĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
docling-project/docling#4846 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
area/sessions comp/dashboard comp/desktop comp/gateway comp/tui duplicate P2 sweeper:risk-session-state type/bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
NousResearch/hermes-agent#138914 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bot-triaged module: activation checkpointing module: inductor oncall: pt2 triaged
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 62/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
[oblt-aw][autodoc] Update PR Actions Detective E2E prerequisites and fix dashboard-format table typoĐang mởdocumentation
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
elastic/oblt-aw#2382 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày