Missing tiles in Xenium H&E image
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评估
调研方向
在链接的 10x Genomics 数据集上使用默认参数运行 xenium() 来复现该问题，然后使用 spatialdata-plot 绘制其 H&E 图像。将结果与 QuPath 中原始的 .ome.tif 进行比较，并调查为什么缺少相同的瓦片；绘制出的图像包含所有源瓦片即表示完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
I ran xenium() with default parameters on official data from 10x Genomics (such as https://www.10xgenomics.com/datasets/ffpe-human-breast-with-custom-add-on-panel-1-standard).
However, I noticed that when I plotted the H&E image using the spatialdata-plot package, there were some missing tiles, as shown in the following image:
The missing tiles are always the same if I run xenium() multiple times, so it doesn't look like a random drop.
I checked the original .ome.tif image in QuPath and there are no missing tiles.
Packages version:
spatialdata = 0.2.5spatialdata-io = 0.1.5spatialdata-plot = 0.2.7
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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