Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

Normalization among samples from different sequencing runs

オープン
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評価

難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
初心者へのやさしさ
20/100
issue の種類
ドキュメント
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
停滞
領域
bioinformatics

調査の方向性

ファイル、テスト、エントリポイントは指定されていません。まず、clonotypic overlap analysis と sample normalization に関する既存のドキュメントを確認し、次に sequencing runs、depth limitations、または downsampling に関するガイダンスが不足していないかを判断してください。bulk RNA-seq TCRα/TCRβ samples に関するこの問いに、maintainer が承認したドキュメント変更で対応できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Hello,

First of all, thanks for the amazing tool that you provide. I am currently using it to map TCRα and TCRβ sequences of sorted CD4 T cells (bulk RNA-seq) from mice, and I would like to perform a clonotypic overlap analysis of two different subsets of CD4 T cells in two different tissues.

However, my samples were sequenced in three different runs. Even though the sequencing depth looks quite similar, I was wondering what limitations this analysis might face. If there are any, what normalization/downsampling methods would you recommend?

Thanks a lot in advance,
C.

主要言語
SCSS
スター
5
フォーク
6
30日以内にマージされた PR はありません

環境構築

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はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
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