Normalization among samples from different sequencing runs
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Non viene indicato alcun file, test o punto di ingresso. Esamina innanzitutto la documentazione esistente sull’analisi della sovrapposizione clonotipica e sulla normalizzazione dei campioni, quindi determina se mancano indicazioni sui run di sequenziamento, sulle limitazioni di profondità o sul downsampling. Il lavoro è completato quando una modifica alla documentazione approvata da un maintainer risponde alla domanda per bulk RNA-seq TCRα/TCRβ samples.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello,
First of all, thanks for the amazing tool that you provide. I am currently using it to map TCRα and TCRβ sequences of sorted CD4 T cells (bulk RNA-seq) from mice, and I would like to perform a clonotypic overlap analysis of two different subsets of CD4 T cells in two different tissues.
However, my samples were sequenced in three different runs. Even though the sequencing depth looks quite similar, I was wondering what limitations this analysis might face. If there are any, what normalization/downsampling methods would you recommend?
Thanks a lot in advance,
C.
- Lingua principale
- SCSS
- Stelle
- 5
- Fork
- 6
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
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