java.lang.RuntimeException: Missing event detected.
まだ誰も着手していません。
評価
調査の方向性
まず、影響を受ける FASTQ 入力を使って報告された mixcr analyze コマンドを再現し、Missing event エラーが発生する assemble ステップに集中します。issue では repository のファイルやテストは指定されていません。完了条件は、これらの入力に対する原因を特定し、失敗を文書化または修正することです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hello,
I run mixcr on all my bulk mi laboratories tcr data but I encounter a problem for two of them. Do you know what happen? Does somebody already encounter this message?
Many thanks
My code:
/Users/alegac/opt/anaconda3/pkgs/mixcr-4.4.1-0/bin/mixcr -Xmx15g analyze milab-human-rna-tcr-umi-multiplex /Users/alegac/Documents/bulk_tcr/S1/s1_trimmed_R1.fastq.gz /Users/alegac/Documents/bulk_tcr/S1/s1_trimmed_R2.fastq.gz /Users/alegac/Documents/bulk_tcr/S1/results_01
My error :
Writing pre-clones: 72% ETA: 00:01:20
Writing pre-clones: 82,4% ETA: 00:00:44
Writing pre-clones: 92,7% ETA: 00:00:17
Writing pre-clones: 40,6%
Initialization: progress unknown
4.4.1; built=Thu Jul 06 19:36:41 CEST 2023; rev=f7cd556c6c; lib=repseqio.v3.0.1
picocli.CommandLine$ExecutionException: Error while running command assemble java.lang.RuntimeException: Missing event detected.
at com.milaboratory.mixcr.cli.Main.registerExceptionHandlers$lambda-12(SourceFile:323)
at picocli.CommandLine.execute(CommandLine.java:2088)
at com.milaboratory.mixcr.cli.CommandAnalyze$Cmd$PlanBuilder.executeSteps(SourceFile:470)
at com.milaboratory.mixcr.cli.CommandAnalyze$Cmd.run0(SourceFile:412)
at com.milaboratory.mixcr.cli.MiXCRCommand.run(SourceFile:37)
at picocli.CommandLine.executeUserObject(CommandLine.java:1939)
at picocli.CommandLine.access$1300(CommandLine.java:145)
at picocli.CommandLine$RunLast.executeUserObjectOfLastSubcommandWithSameParent(CommandLine.java:2358)
at picocli.CommandLine$RunLast.handle(CommandLine.java:2352)
at picocli.CommandLine$RunLast.handle(CommandLine.java:2314)
at picocli.CommandLine$AbstractParseResultHandler.execute(CommandLine.java:2179)
at picocli.CommandLine$RunLast.execute(CommandLine.java:2316)
at com.milaboratory.mixcr.cli.Main.registerLogger$lambda-26(SourceFile:426)
at picocli.CommandLine.execute(CommandLine.java:2078)
at com.milaboratory.mixcr.cli.Main.main(SourceFile:98)
Caused by: java.lang.RuntimeException: Missing event detected.
at com.milaboratory.o.hN.a(SourceFile:59)
at com.milaboratory.o.hT$c.accept(SourceFile:1484)
at cc.redberry.pipe.blocks.FilteringPort.take(FilteringPort.java:65)
at cc.redberry.pipe.blocks.O2ITransmitter.run(O2ITransmitter.java:63)
at java.base/java.lang.Thread.run(Thread.java:829)
- 主要言語
- SCSS
- スター
- 5
- フォーク
- 6
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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