Normalization among samples from different sequencing runs
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 20/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
No se menciona ningún archivo, prueba ni punto de entrada. Primero revisa la documentación existente sobre el análisis de solapamiento clonotípico y la normalización de muestras; después determina si faltan indicaciones sobre las ejecuciones de secuenciación, las limitaciones de profundidad o el downsampling. Se considera terminado cuando un cambio en la documentación aprobado por un mantenedor aborda la cuestión para bulk RNA-seq TCRα/TCRβ samples.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello,
First of all, thanks for the amazing tool that you provide. I am currently using it to map TCRα and TCRβ sequences of sorted CD4 T cells (bulk RNA-seq) from mice, and I would like to perform a clonotypic overlap analysis of two different subsets of CD4 T cells in two different tissues.
However, my samples were sequenced in three different runs. Even though the sequencing depth looks quite similar, I was wondering what limitations this analysis might face. If there are any, what normalization/downsampling methods would you recommend?
Thanks a lot in advance,
C.
- Lenguaje dominante
- SCSS
- Estrellas
- 5
- Forks
- 6
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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