Add IDR analysis
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia esaminando la pipeline ENCODE ATAC-seq collegata, l’implementazione di atacflow, le linee guida ENCODE e la issue 36 correlata di nf-core/atacseq. Chiarisci l’analisi IDR richiesta e il processo dei pseudo-replicati, inclusi l’unione e il campionamento equo degli alignments tra i replicati; il lavoro completato deve includere l’analisi richiesta nella pipeline con una validazione appropriata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Would be nice to add the IDR analysis that is currently carried out by the ENCODE pipelines:
https://github.com/kundajelab/atac-seq-pipeline
https://docs.google.com/document/d/1f0Cm4vRyDQDu0bMehHD7P7KOMxTOP-HiNoIvL1VcBt8/edit
Another implementation in NF:
https://github.com/DoaneAS/atacflow
ENCODE ATAC-seq Guidelines:
https://www.encodeproject.org/atac-seq/
Amongst other things, this will probably also involve creating pseudo-replicates by merging and equally sampling alignments across replicates.
- Lingua principale
- Nextflow
- Stelle
- 245
- Fork
- 184
- Merge medio
- 6m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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