Clarify genome size error and update usage documentation
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, cli, documentation
Direzione di ricerca
Inizia tracciando la gestione della riga di comando per --genome, --macs_gsize e --read_length, quindi individua i punti di ingresso degli avvisi e della documentazione di usage. Verifica il comportamento quando --genome GRCh38 viene usato con --macs_gsize, aggiorna l’avviso e documenta entrambi i parametri nell’output di usage, quindi verifica i messaggi risultanti.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Description of the bug
When running with --genome GRCh38, I get the following failure.
WARN: =============================================================================
--macs_gsize parameter has not been provided.
It will be auto-calculated by 'khmer unique-kmers.py' using the '--read_length' parameter.
Explicitly provide '--macs_gsize macs3_genome_size' to change this behaviour.Both '--read_length' and '--macs_gsize' not specified! Please specify either to infer MACS3 genome size for peak calling.
The issue is that --macs_gsize is rejected when using --genome. So the user has to specify --read_length instead. The warning message should be updated. The usage documentation should also be updated to include documentation on both parameters.
Command used and terminal output
Relevant files
No response
System information
No response
- Lingua principale
- Nextflow
- Stelle
- 245
- Fork
- 184
- Merge medio
- 6m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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