Proprietario
nf-core
144 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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rnaseq
RNA sequencing analysis pipeline using STAR, RSEM, HISAT2 or Salmon with gene/isoform counts and extensive quality control.
Nextflow · 1393 stelle
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sarek
Analysis pipeline to detect germline or somatic variants (pre-processing, variant calling and annotation) from WGS / targeted sequencing
Nextflow · 614 stelle
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modules
Repository to host tool-specific module files for the Nextflow DSL2 community!
Nextflow · 433 stelle
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scrnaseq
Single-cell RNA-Seq pipeline for barcode-based protocols such as 10x, DropSeq or SmartSeq, offering a variety of aligners and empty-dropl...
Nextflow · 360 stelle
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tools
Python package with helper tools for the nf-core community.
Python · 327 stelle
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mag
Assembly and binning of metagenomes
Nextflow · 325 stelle
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ampliseq
Amplicon sequencing analysis workflow using DADA2 and QIIME2
Nextflow · 264 stelle
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chipseq
ChIP-seq peak-calling, QC and differential analysis pipeline.
Nextflow · 245 stelle
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atacseq
ATAC-seq peak-calling and QC analysis pipeline
Nextflow · 232 stelle
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nanoseq
Nanopore demultiplexing, QC and alignment pipeline
Nextflow · 232 stelle
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eager
A fully reproducible and state-of-the-art ancient DNA analysis pipeline
Nextflow · 213 stelle
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methylseq
Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark/bwa-meth + MethylDackel or bwa-mem + rastair
Nextflow · 201 stelle
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fetchngs
Pipeline to fetch metadata and raw FastQ files from public databases
Nextflow · 201 stelle
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taxprofiler
Highly parallelised multi-taxonomic profiling of shotgun short- and long-read metagenomic data
Nextflow · 193 stelle
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rnafusion
RNA-seq analysis pipeline for detection of gene-fusions
Nextflow · 176 stelle
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viralrecon
Assembly and intrahost/low-frequency variant calling for viral samples
Nextflow · 166 stelle
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test-datasets
Test data to be used for automated testing with the nf-core pipelines
163 stelle
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oncoanalyser
A comprehensive cancer DNA/RNA analysis and reporting pipeline
Nextflow · 126 stelle
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raredisease
Call and score variants from WGS/WES of rare disease patients.
Nextflow · 126 stelle
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funcscan
(Meta-)genome screening for functional and natural product gene sequences
Nextflow · 119 stelle
- 124 altri repository si trovano su Vedi su GitHub
Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data
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bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 62/100
nf-core/genomeassembler#260 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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new-pipeline proposed
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100
nf-core/stableexpression#68 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 28/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100
nf-core/oncoanalyser#346 · 1 commento ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
nf-core/taxmarker#58 · 2 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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update module
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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update module
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 66/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Registry dropped with `-profile <institution>,singularity`, so images are pulled from Docker HubAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
nf-core/proteinfold#661 ·
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Update PGEcore versionApertaenhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 53/100
nf-core/plasmodiumdrugres#116 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Update pmotools versionApertaenhancement
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 56/100
nf-core/plasmodiumdrugres#115 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Bump devAperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100
nf-core/provenancereport#62 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
nf-core/taxmarker#55 · 3 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 64/100
nf-core/demultiplex#431 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
nf-core/modules#13434 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
nf-core/metatdenovo#605 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100
nf-core/metatdenovo#604 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
nf-core/tools#4533 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
nf-core/metatdenovo#602 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
nf-core/metatdenovo#601 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
nf-core/metatdenovo#600 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
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modules
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Tests should create fixture files with collectFile instead of writing to launchDir or moduleDirApertagood first issue
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100
nf-core/modules#13423 · 2 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
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linting
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
nf-core/variantprioritization#107 ·
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command line tools enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
nf-core/pathogenepidemiology#48 · 1 commento · 1 reazione ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
nf-core/pathogenepidemiology#47 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
nf-core/pathogenepidemiology#46 · 3 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 59/100
nf-core/pathogenepidemiology#45 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
nf-core/pathogenepidemiology#44 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Make local modules and their tests self-contained following nf-core conventionsForse di nuovo libera Una pull request per questa issue è stata chiusa senza essere unita. Apertaenhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 75/100
nf-core/pairgenomealign#162 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
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bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100
nf-core/pathogenepidemiology#43 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Update toulligApertaenhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100
nf-core/seqinspector#295 ·
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bwa-mem3 supportApertaenhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
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new-pipeline proposed
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100
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bug
Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 62/100
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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Pipeline level snapshotsApertaenhancement low priority
Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 45/100
nf-core/variantbenchmarking#350 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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