Add IDR analysis
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza revisando la canalización de ENCODE ATAC-seq enlazada, la implementación de atacflow, las directrices de ENCODE y el issue 36 relacionado de nf-core/atacseq. Aclara el análisis IDR requerido y el proceso de pseudo-replicación, incluida la combinación y el muestreo equitativo de los alignments entre las réplicas; el trabajo terminado debe incluir el análisis solicitado en la canalización con una validación adecuada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Would be nice to add the IDR analysis that is currently carried out by the ENCODE pipelines:
https://github.com/kundajelab/atac-seq-pipeline
https://docs.google.com/document/d/1f0Cm4vRyDQDu0bMehHD7P7KOMxTOP-HiNoIvL1VcBt8/edit
Another implementation in NF:
https://github.com/DoaneAS/atacflow
ENCODE ATAC-seq Guidelines:
https://www.encodeproject.org/atac-seq/
Amongst other things, this will probably also involve creating pseudo-replicates by merging and equally sampling alignments across replicates.
- Lenguaje dominante
- Nextflow
- Estrellas
- 245
- Forks
- 184
- Merge medio
- 6 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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