Add IDR analysis
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách xem xét pipeline ENCODE ATAC-seq được liên kết, phần triển khai atacflow, các hướng dẫn của ENCODE và issue 36 liên quan của nf-core/atacseq. Làm rõ phân tích IDR bắt buộc và quy trình pseudo-replicate, bao gồm việc gộp và lấy mẫu alignments với số lượng bằng nhau giữa các replicate; phần đã hoàn thành phải bao gồm phân tích được yêu cầu trong pipeline cùng với việc xác thực phù hợp.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Would be nice to add the IDR analysis that is currently carried out by the ENCODE pipelines:
https://github.com/kundajelab/atac-seq-pipeline
https://docs.google.com/document/d/1f0Cm4vRyDQDu0bMehHD7P7KOMxTOP-HiNoIvL1VcBt8/edit
Another implementation in NF:
https://github.com/DoaneAS/atacflow
ENCODE ATAC-seq Guidelines:
https://www.encodeproject.org/atac-seq/
Amongst other things, this will probably also involve creating pseudo-replicates by merging and equally sampling alignments across replicates.
- Ngôn ngữ chính
- Nextflow
- Star
- 245
- Fork
- 184
- Merge trung bình
- 6 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của nf-core/chipseq
-
MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed, even when single end data is used as inputĐang mởbug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
enhancement
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
enhancement improve-behaviour
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
Tất cả issue của nf-core/chipseq
Issue tương tự
-
filter_variants declares POST, PRIOR, SPECLL and NORMLL as Number=A but writes five values per recordCó thể đã có người làm @yfarjoun đã nhận 1 ngày trước. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
broadinstitute/permutect#304 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
nf-core/plasmodiumdrugres#119 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
protocol-revision
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 73/100
-
New term request
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
monarch-initiative/mondo#10796 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày