Proprietario
broadinstitute
86 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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gatk
Official code repository for GATK versions 4 and up
Java · 2002 stelle
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cromwell
Scientific workflow engine designed for simplicity & scalability. Trivially transition between one off use cases to massive scale product...
Scala · 1082 stelle
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picard
A set of command line tools (in Java) for manipulating high-throughput sequencing (HTS) data and formats such as SAM/BAM/CRAM and VCF.
Java · 1079 stelle
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CellBender
CellBender is a software package for eliminating technical artifacts from high-throughput single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data.
Python · 423 stelle
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ABC-Enhancer-Gene-Prediction
Cell type specific enhancer-gene predictions using ABC model (Fulco, Nasser et al, Nature Genetics 2019)
Python · 271 stelle
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warp
Warp Analysis Research Pipelines
Jupyter Notebook · 231 stelle
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seqr
web-based analysis tool for rare disease genomics
Python · 219 stelle
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gatk-sv
A structural variation pipeline for short-read sequencing
Python · 208 stelle
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viral-ngs
viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data
Python · 197 stelle
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Python · 181 stelle
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long-read-pipelines
Long read production pipelines
Jupyter Notebook · 152 stelle
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cellpainting-gallery
Cell Painting Gallery
140 stelle
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Drop-seq
Java tools for analyzing Drop-seq data
Jupyter Notebook · 136 stelle
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gnomad_methods
Hail helper functions for the gnomAD project and Translational Genomics Group
Python · 102 stelle
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gnomad-browser
Explore gnomAD datasets on the web
TypeScript · 91 stelle
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viral-pipelines
viral-ngs: complete pipelines
WDL · 76 stelle
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Jupyter Notebook · 70 stelle
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pyqtl
Collection of analysis tools for quantitative trait loci
Python · 66 stelle
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celldega
Spatial and multiomic visualization and analysis library
Jupyter Notebook · 60 stelle
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delphy
Fast, scalable, accurate and accessible Bayesian phylogenetics
C++ · 56 stelle
- 66 altri repository si trovano su Vedi su GitHub
Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100
broadinstitute/picard#2060 · 1 commento ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 78/100
broadinstitute/protigy-v2#106 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100
broadinstitute/pysceptre#2 · 1 commento ·
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feature request
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
broadinstitute/seqr#5597 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 90/100
broadinstitute/gatk-sv#965 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100
broadinstitute/cromwell#7904 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
broadinstitute/EmmaEmb#21 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100
broadinstitute/exome-results-browsers#242 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Automate docker build.Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#230 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#229 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Running ABC without ATAC/DHSAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
broadinstitute/ABC-Enhancer-Gene-Prediction#281 · 1 commento ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#223 · 2 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100
broadinstitute/exome-results-browsers#222 ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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Reduce maintenance burdenApertaEpic
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
broadinstitute/exome-results-browsers#217 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni
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good first issue
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
broadinstitute/gnomad-browser#1955 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 86/100
broadinstitute/CellBender#478 · 1 commento ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100
broadinstitute/seqr#5570 · 1 commento · 1 reazione ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
broadinstitute/warp#1952 · 2 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100
broadinstitute/gnomad-browser#1943 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Standalone modeAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
broadinstitute/genomeshader#59 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
broadinstitute/cellpainting-gallery#183 · 1 commento ·
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Triage: Dev Triage: PM
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
broadinstitute/gnomad-browser#1938 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Triage: PM
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 64/100
broadinstitute/gnomad-browser#1937 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Update constraint metrics to gnomADv4Forse di nuovo libera @hanars l’ha presa 28 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertafeature request
broadinstitute/seqr#5563 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
broadinstitute/genomeshader#58 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
broadinstitute/BE3D#24 · 1 commento ·
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Funcotator mis-classifies stop-retained indels as FRAME_SHIFT_* (should be SILENT / stop-retained)Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
broadinstitute/gatk#9417 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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better handle nodes from OBCI.nodes.csvForse di nuovo libera @vdancik l’ha presa 39 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaenhancement
broadinstitute/dig-knowledge-graph#3 · 1 assegnatario ·
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better handle nodes from NCIT.nodes.csvForse di nuovo libera @vdancik l’ha presa 39 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaenhancement
broadinstitute/dig-knowledge-graph#2 · 1 assegnatario ·
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Add miseAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 50/100
broadinstitute/celldega#332 · 2 commenti · 1 reazione ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 58/100
broadinstitute/gatk-sv#956 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100
broadinstitute/CellBender#474 ·
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перестал работать WARPAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 10/100
broadinstitute/warp#1927 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100
broadinstitute/viral-references#38 · 3 commenti ·
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enhancement
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100
broadinstitute/dapper#8 · 1 commento ·
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 84/100
broadinstitute/CellBender#462 · 1 commento ·
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Move other domains to redirectsForse di nuovo libera @coreone l’ha presa 49 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaexempt-from-stale
broadinstitute/terraform-broad-redirect#80 · 1 assegnatario ·
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Add support for DRAGEN SV and CNV callsForse di nuovo libera @hanars l’ha presa 49 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertafeature request
broadinstitute/seqr#5542 · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
broadinstitute/gatk#9409 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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pipeline
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
broadinstitute/seqr#5536 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
broadinstitute/2024_09_09_Axiom_OASIS#44 · 1 commento ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
broadinstitute/permutect#296 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
broadinstitute/picard#2057 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 86/100
broadinstitute/CellBender#460 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
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