Handling KEGG Prefixes with Identical URI Resolution
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
Direzione di ricerca
Inizia esaminando i file prefix.csv e la gestione della risoluzione dei prefissi nell’installazione di semsql. Determina come kegg.reaction e kegg.pathway debbano rimanere distinti pur condividendo https://www.kegg.jp/entry, quindi verifica che entrambi i prefissi vengano risolti correttamente senza modifiche manuali.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
KEGG Ontology Prefix Handling
We are currently using two KEGG prefixes:
- kegg.reaction (KEGG Reaction)
- kegg.pathway (KEGG Pathway)
Both of these prefixes resolve to the same base URL: https://www.kegg.jp/entry. For example:
I have been manually editing the prefix.csv files in my semsql installation to handle prefixes that are not already defined for ontologies we are currently developing. However, I'm uncertain how best to handle the KEGG prefixes given their shared resolution.
Any suggestions or guidance on a robust solution for this issue would be greatly appreciated.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 70
- Fork
- 7
- Merge medio
- 4h 18m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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