Handling KEGG Prefixes with Identical URI Resolution
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Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 25/100
Piste de recherche
Commencez par examiner les fichiers prefix.csv et la gestion de la résolution des préfixes dans l’installation de semsql. Déterminez comment kegg.reaction et kegg.pathway doivent rester distincts tout en partageant https://www.kegg.jp/entry, puis vérifiez que les deux préfixes se résolvent correctement sans modifications manuelles.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
KEGG Ontology Prefix Handling
We are currently using two KEGG prefixes:
- kegg.reaction (KEGG Reaction)
- kegg.pathway (KEGG Pathway)
Both of these prefixes resolve to the same base URL: https://www.kegg.jp/entry. For example:
I have been manually editing the prefix.csv files in my semsql installation to handle prefixes that are not already defined for ontologies we are currently developing. However, I'm uncertain how best to handle the KEGG prefixes given their shared resolution.
Any suggestions or guidance on a robust solution for this issue would be greatly appreciated.
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 71
- Forks
- 7
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
- Fournit un Dockerfile ou un fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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