Handling KEGG Prefixes with Identical URI Resolution
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
Línea de trabajo
Comienza inspeccionando los archivos prefix.csv y el manejo de la resolución de prefijos en la instalación de semsql. Determina cómo kegg.reaction y kegg.pathway deben mantenerse distintos mientras comparten https://www.kegg.jp/entry, y verifica después que ambos prefijos se resuelvan correctamente sin ediciones manuales.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
KEGG Ontology Prefix Handling
We are currently using two KEGG prefixes:
- kegg.reaction (KEGG Reaction)
- kegg.pathway (KEGG Pathway)
Both of these prefixes resolve to the same base URL: https://www.kegg.jp/entry. For example:
I have been manually editing the prefix.csv files in my semsql installation to handle prefixes that are not already defined for ontologies we are currently developing. However, I'm uncertain how best to handle the KEGG prefixes given their shared resolution.
Any suggestions or guidance on a robust solution for this issue would be greatly appreciated.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 70
- Forks
- 7
- Merge medio
- 4 h 18 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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