Handling KEGG Prefixes with Identical URI Resolution
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách kiểm tra các tệp prefix.csv và cách xử lý việc phân giải tiền tố trong bản cài đặt semsql. Xác định cách kegg.reaction và kegg.pathway cần được giữ riêng biệt trong khi cùng sử dụng https://www.kegg.jp/entry, sau đó xác minh rằng cả hai tiền tố đều được phân giải chính xác mà không cần chỉnh sửa thủ công.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
KEGG Ontology Prefix Handling
We are currently using two KEGG prefixes:
- kegg.reaction (KEGG Reaction)
- kegg.pathway (KEGG Pathway)
Both of these prefixes resolve to the same base URL: https://www.kegg.jp/entry. For example:
I have been manually editing the prefix.csv files in my semsql installation to handle prefixes that are not already defined for ontologies we are currently developing. However, I'm uncertain how best to handle the KEGG prefixes given their shared resolution.
Any suggestions or guidance on a robust solution for this issue would be greatly appreciated.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 70
- Fork
- 7
- Merge trung bình
- 4 giờ 18 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của INCATools/semantic-sql
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
INCATools/semantic-sql#124 ·
-
Migrate direct raw-S3 bbop-sqlite consumers to the semanticsql CDNCó thể làm lại được @caufieldjh đã nhận 92 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởhelp wanted
INCATools/semantic-sql#115 · 7 bình luận · 1 người được giao ·
-
[bot] Cut a semsql release including the semanticsql.berkeleybop.io defaultCó thể làm lại được @caufieldjh đã nhận 92 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởenhancement
INCATools/semantic-sql#114 · 2 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
enhancement
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
INCATools/semantic-sql#111 · 1 bình luận ·
-
Integrate ENERO Foundry ontologies into Semantic-SQLCó thể đã có người làm @cmungall đã nhận 198 ngày trước. Đang mởenhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
INCATools/semantic-sql#107 ·
Tất cả issue của INCATools/semantic-sql
Issue tương tự
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
Deltares/imod-python#1940 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
effort: low prio: low ready
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
digitalfabrik/integreat-cms#4621 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 5 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
ioos/compliance-checker#1375 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày