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Proposal to migrate `DelayedMask` to the DelayedArray package

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
20/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
data, performance

Direzione di ricerca

Inizia esaminando l’implementazione di DelayedMask in alabaster.matrix e la gestione ritardata di [<- di DelayedArray, inclusi DelayedNaryIsoOp e le chiamate a extract_*_array(). Determina se la migrazione o il masking generalizzato debba rientrare in DelayedArray e documenta il comportamento proposto e i compromessi in termini di efficienza; il completamento richiede un ambito di implementazione concordato o una decisione dei maintainer.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

My alabaster.matrix package has a DelayedMask class that replaces all instances of a placeholder with an NA value during extract_*_array() calls. Essentially, it is equivalent to:

library(DelayedArray)
y <- DelayedArray(matrix(rbinom(100, 1, 0.2), ncol=5))
placeholder <- 1

z <- y
z[z == placeholder] <- NA

# Gives the same (abstract) matrix contents as:
alabaster.matrix::DelayedMask(y, placeholder)

AFAICT the DelayedMask approach should be more efficient as the DelayedMask only realizes one matrix while the delayed [<- requires realization of both z and z == placeholder. (Currently DelayedMask is literally for masking NAs but it could be generalized to handle more boolean operations, e.g., so z[z > cap] <- cap could be used to upper-bound the contents of the matrix.)

Would this be of interest to the DelayedArray package? Perhaps there might be an easy way that we can detect that the logical subset is generated from the same matrix that it is operating on in [<-, and switch from creating a DelayedNaryIsoOp to a DelayedMask.

Lingua principale
R
Stelle
29
Fork
12
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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