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Re-implementing rowsum/colsum for HDF5Matrix

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia tracciando i metodi esistenti rowsum() e colsum() e il metodo storico rowsum,HDF5Matrix menzionato nell’issue. Esamina come vengono utilizzati HDF5RealizationSink e RealizationSink, quindi definisci come devono essere scritti i risultati in modo incrementale, incluso il supporto per la scrittura di operazioni separate nello stesso sink. Il lavoro è completato quando entrambe le operazioni possono realizzare i risultati in un RealizationSink senza richiedere che il risultato completo risieda in memoria.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I just noticed that bsseq has been broken in devel for a while due to the removal of the rowsum,HDF5Matrix-method (which I okayed back in https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/commit/1a6a44f0119d81ff5eae975a37b4eb4efe85efab#comments).

I now remember why I had this method: if the data are so large that they need to be stored in HDF5 then the result of rowsum()/colsum() may itself be so large that it can't be stored in memory.
Therefore, the method I had allowed for this by allowing the result to be written to an HDF5RealizationSink (it also allowed me some extra control over the result, such as writing 2 separate rowsum()s to the same file as in https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/commit/27712d726a78350819961d4c10e50ef900118ef7).

Would it be possible to have a rowsum()/colsum() that supports realizing the result to a RealizationSink as it goes?
I will try to find time to do this if you're okay with it.

Lingua principale
R
Stelle
29
Fork
12
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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