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Re-implementing rowsum/colsum for HDF5Matrix

Aberta
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Avaliação

Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
35/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
r
Domínio
data

Direção de pesquisa

Comece rastreando os métodos existentes rowsum() e colsum() e o método histórico rowsum,HDF5Matrix mencionado na issue. Revise como HDF5RealizationSink e RealizationSink são usados e, em seguida, defina como os resultados devem ser escritos incrementalmente, incluindo o suporte para escrever operações separadas no mesmo sink. Considera-se concluído quando ambas as operações puderem realizar resultados em um RealizationSink sem exigir que o resultado completo esteja na memória.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

I just noticed that bsseq has been broken in devel for a while due to the removal of the rowsum,HDF5Matrix-method (which I okayed back in https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/commit/1a6a44f0119d81ff5eae975a37b4eb4efe85efab#comments).

I now remember why I had this method: if the data are so large that they need to be stored in HDF5 then the result of rowsum()/colsum() may itself be so large that it can't be stored in memory.
Therefore, the method I had allowed for this by allowing the result to be written to an HDF5RealizationSink (it also allowed me some extra control over the result, such as writing 2 separate rowsum()s to the same file as in https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/commit/27712d726a78350819961d4c10e50ef900118ef7).

Would it be possible to have a rowsum()/colsum() that supports realizing the result to a RealizationSink as it goes?
I will try to find time to do this if you're okay with it.

Linguagem predominante
R
Estrelas
29
Forks
12
Nenhum PR com merge em 30d

Guia de contribuição

Nenhum guia de contribuição indexado para este repositório

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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