Re-implementing rowsum/colsum for HDF5Matrix

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#41 创建于 2019年2月25日 3 条评论 0 个 reaction 已指派 0 人在 GitHub 查看

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评估

难度: 5/5
预计耗时: 一周以上
新手友好度: 35/100

Issue 类型: 功能
描述清晰度: 基本清楚
活跃度: 停滞
技术栈: r
领域: data

调研方向

首先跟踪现有的 rowsum() 和 colsum() 方法，以及 issue 中提到的历史 rowsum,HDF5Matrix-method。检查 HDF5RealizationSink 和 RealizationSink 的使用方式，然后定义应如何增量写入结果，包括支持将不同操作写入同一个 sink。完成的标准是两个操作都能将结果 realize 到 RealizationSink，而不要求将完整结果保存在内存中。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

I just noticed that bsseq has been broken in devel for a while due to the removal of the rowsum,HDF5Matrix-method (which I okayed back in https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/commit/1a6a44f0119d81ff5eae975a37b4eb4efe85efab#comments).

I now remember why I had this method: if the data are so large that they need to be stored in HDF5 then the result of rowsum()/colsum() may itself be so large that it can't be stored in memory.
Therefore, the method I had allowed for this by allowing the result to be written to an HDF5RealizationSink (it also allowed me some extra control over the result, such as writing 2 separate rowsum()s to the same file as in https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/commit/27712d726a78350819961d4c10e50ef900118ef7).

Would it be possible to have a rowsum()/colsum() that supports realizing the result to a RealizationSink as it goes?
I will try to find time to do this if you're okay with it.

主要语言: R
星标: 29
派生: 12
PR 合并指标: 30 天内没有已合并 PR

贡献指南

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