Re-implementing rowsum/colsum for HDF5Matrix

オープン

#41 2019年2月25日に作成コメント 3 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 5/5
見積もり時間: 1週間以上
初心者へのやさしさ: 35/100

issue の種類: 機能追加
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: data

調査の方向性

まず、既存の rowsum() と colsum() のメソッド、および issue で言及されている従来の rowsum,HDF5Matrix-method を追跡します。HDF5RealizationSink と RealizationSink がどのように使用されているかを確認し、そのうえで、別々の操作を同じ sink に書き込むサポートを含め、結果をインクリメンタルに書き込む方法を定義します。両方の操作で、結果全体をメモリに保持することなく RealizationSink に結果を realize できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I just noticed that bsseq has been broken in devel for a while due to the removal of the rowsum,HDF5Matrix-method (which I okayed back in https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/commit/1a6a44f0119d81ff5eae975a37b4eb4efe85efab#comments).

I now remember why I had this method: if the data are so large that they need to be stored in HDF5 then the result of rowsum()/colsum() may itself be so large that it can't be stored in memory.
Therefore, the method I had allowed for this by allowing the result to be written to an HDF5RealizationSink (it also allowed me some extra control over the result, such as writing 2 separate rowsum()s to the same file as in https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/commit/27712d726a78350819961d4c10e50ef900118ef7).

Would it be possible to have a rowsum()/colsum() that supports realizing the result to a RealizationSink as it goes?
I will try to find time to do this if you're okay with it.

主要言語: R
スター: 29
フォーク: 12
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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