Re-implementing rowsum/colsum for HDF5Matrix

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#41 建立於 2019年2月25日 3 則留言 0 個 reaction 已指派 0 人在 GitHub 檢視

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評估

難度: 5/5
預估耗時: 一週以上
新手友好度: 35/100

Issue 類型: 功能
描述清晰度: 基本清楚
活躍度: 停滯
技術堆疊: r
領域: data

研究方向

首先追蹤現有的 rowsum() 和 colsum() 方法，以及 issue 中提到的歷史 rowsum,HDF5Matrix-method。檢視 HDF5RealizationSink 和 RealizationSink 的使用方式，然後定義應如何增量寫入結果，包括支援將不同操作寫入同一個 sink。完成的標準是兩個操作都能將結果 realize 到 RealizationSink，而不要求將完整結果保存在記憶體中。

由索引模型根據 Issue 內容生成。

描述

I just noticed that bsseq has been broken in devel for a while due to the removal of the rowsum,HDF5Matrix-method (which I okayed back in https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/commit/1a6a44f0119d81ff5eae975a37b4eb4efe85efab#comments).

I now remember why I had this method: if the data are so large that they need to be stored in HDF5 then the result of rowsum()/colsum() may itself be so large that it can't be stored in memory.
Therefore, the method I had allowed for this by allowing the result to be written to an HDF5RealizationSink (it also allowed me some extra control over the result, such as writing 2 separate rowsum()s to the same file as in https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/commit/27712d726a78350819961d4c10e50ef900118ef7).

Would it be possible to have a rowsum()/colsum() that supports realizing the result to a RealizationSink as it goes?
I will try to find time to do this if you're okay with it.

主要語言: R
星號: 29
分支: 12
PR 合併指標: 30 天內沒有已合併 PR

貢獻指南

這個儲存庫沒有索引到貢獻指南

從這裡開始

先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。

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